1年生の授業は専科制である体育・音楽・宗教・英語以外の教科は『いずみ』として担任が指導します。また、入学してすぐの1ヵ月間は、清泉兄弟姉妹の6年生に手伝ってもらいながら、基本的な学校生活の決まりについて学び、清泉の子どもとしての基礎を養っていきます。また、公共の場での約束についても学んでいきます。学校生活に慣れるまで、肩掛けのショルダーバッグを使用し、途中からランドセルを使い始めます。
清泉小学校では、国語、社会、算数等の各教科を学習する以前に、先ず読む、書く、聞く、話す、計算する、等の力を身につけることを重視しています。文を読んだり、字を書いたりできなくては、いかなる学習も成立しません。また、物事を理解するには、正確に話を聞き、まとまった話し方ができなければ他への説明もできないからです。1年生では、基礎的な学習を重視して指導していきます。

2年生になると学校にもすっかり慣れ、休み時間に体育館などでも遊べるようになり、行動範囲が広がっていきます。1年生の教室が同じ階にあるので1年生のことも気になるようで、1年生を色々お世話したい、教えてあげたいと考えるようになります。そこで、2年生では、学校探検で1年生に学校内を案内するという大きな役目を担います。1年生のために準備を進め、当日は1年生のために気を遣いながら案内し、お兄さん、お姉さんらしさを意識し、周囲との関わりを広げていきます。

3年生になると理科の専科が始まります。教室が3階になるため屋上が近くなり、休み時間は屋上で遊ぶことができます。屋上には、ドッジボールコートやラダー（梯子）の線が書かれているため、それを使って遊ぶことができます。3年生は、自分の気持ちや感情をストレートに出してくる時期です。お友だちとぶつかりながらも、たくさん話し合い、一つひとつ乗り越えていくことで、人間関係を学び、周囲の人の気持ちを考えられるようになっていきます。さらに、3年生で行う鎌倉調べは、頭・心・身体を大きく使って取り組むことのできる学習活動です。皆で夢中になって取り組み、力を合わせてやり遂げる経験を積み、集団の中で自分には何ができるのかを考えることで、人としてさらに成長していくことができます。

宗教、音楽、体育、英語、理科のほかに、美術も専任教員の指導になります。
自分自身についてや周りの人との関係を考えられるようになり、もうすぐ高学年になるという意識を持ちながら毎日を過ごします。また、5月の「マリア様の集い」と12月の「クリスマスの集い」を企画運営することにより、大切なことを多くの人に伝える経験をし、視野も心も大きく広がります。
委員会活動への参加も4年生から始まります。

6年生と協力し学校生活全体を支え、上級生になったという意識を強く抱きながら毎日を過ごします。5月に行われる「学校の日」の企画運営を担当することにより、学校の歴史や清泉の創始者、聖ラファエラ・マリアのことをより理解し、自分のことだけではなく他の人たちのために尽くす清泉の子どもとしての自覚を身につけます。また、長野県で行われる3泊4日の「山の学校」では日常をはなれ、心身をきたえ、自分を見つめなおす時間を持ちます。クラブ活動への参加が始まります。

最上級生として様々な活動の中心となり、責任を持って学校生活全体をリードしていきます。朝、登校してくる児童に挨拶をしたり、校内の窓を開けたりする週番を順番に務め、委員会活動やクラブ活動でも中心になって活躍し、自分の周りの問題の解決を我がこととして追及し、自分に与えられた能力を他の人の幸せのために使うことに喜びを感じる心を育みます。
身も心も子どもから大人へと大きく成長を始める時期です。また、清泉兄弟姉妹である1年生の手伝いをすることにより、年長者としての自覚や寛容さを学びます。
2泊3日の奈良への修学旅行では事前学習や指導をしっかり行い、歴史への理解を深め感性を磨くとともに、社会のルールを学びます。